WOJNA, POWSTANIE WARSZAWSKIE, OBOZY JENIECKIE

Dolna 42. To się nazywało Amelin, tam był ten Fleckfieber Abteilung. Były dwa oddziały: Normale Läuse Zucht i oddział zakaźny, gdzie już z tych zakażonych wszy produkowano [szczepionkę]… Tam przychodziło dwa razy dziennie paręset tak zwanych karmicieli, bo te wszy musiały być karmione. Ale oni też dostawali doskonałe papiery. […] Tam było ich około setki. Wśród tych karmicieli kilkanaście osób było pochodzenia żydowskiego. I tenże doktor Wohlrab wiedział o tym. Udawał, że nie wie. Matka moja przyjmowała ich do tej pracy. Często przychodzili ludzie z karteczką, że trzeba ich przyjąć, bo to byli ludzie z konspiracji. Zresztą na terenie tego oddziału wiele osób było zaangażowanych w działalność konspiracyjną, między innymi pan profesor Kostrzewski, późniejszy prezes Akademii Nauk. Oczywiście pod innym nazwiskiem. Nazywał się wtedy Jan Zarębski, pełnił funkcję laboranta, ukrywając się oczywiście. No bo gdyby wiedzieli, kim on jest, to by go aresztowali. […] Jednym z moich nauczycieli, takich pomocniczych, korepetytorów, był właśnie pan, wtedy się nazywający Zarębski, którym był profesor Kostrzewski, który właśnie też był zatrudniony w tym Zakładzie Higieny.

Formularz przedstawiający liczbę zachorowań w Dystrykcie Warszawskim

Mapa powiatów z zaznaczoną liczbą zachorowań na tyfus plamisty (1941-1942)

Ogłoszenie zakazujące całowania w rękę w budynkach publicznych w ramach zwalczania tyfusu plamistego (1942)

W dniu moich imienin, 15 października, chcąc zobaczyć kogoś z rodzinnego Krakowa, powiedziałam mu [stabsarztowi lamsdorfskiemu], że w obozie męskim jest lekarz - epidemiolog, dr Jan Kostrzewski z Krakowa i że ja chcę się z nim naradzić nad leczeniem moich chorych na szkarlatynę. Oczywiście był to tylko pretekst. Stabsarzt zastosował się do moich życzeń. W godzinę później dr Kostrzewski był już u nas. Na ławce pod moją izbą chorych porozmawialiśmy sobie od serca o losach naszych wspólnych przyjaciół, o wojnie i nadziei na bliski jej koniec. Pracowaliśmy w Krakowie od początku okupacji w tym samym ugrupowaniu konspiracyjnym, a potem w Warszawie widywaliśmy się często. Był to dla mnie miły moment w tym imieninowym dniu. 

[..] dobrnęliśmy do Budapesztu. […] Były tam rosyjskie koszary wojskowe, teren przeznaczony na obóz przejściowy dla wszystkich ausländerów, którzy wracali po zakończeniu działań wojennych do swoich krajów. [..] Duży teren otoczony murem, pod nadzorem rosyjskim. Od razu skierowano nas do Polskiego Komitetu – składał s`ię z kilku osób: pana Skorupki, komunisty z Białegostoku, który nawet zaproponował nam pobyt u siebie po powrocie do Polski, dr. Jana Kostrzewskiego, młodego lekarza powracającego z obozu i jakiegoś małżeństwa. Nam, pięciu Polkom, przydzielono pokój w budynku dla Rosjan. Mama była zaniepokojona tą sytuacją – cztery dziewczyny i ona piąta bez żadnej męskiej opieki. Nagle z pokoju rosyjskich żołnierzy wyszedł na korytarz taki gruby żołdak i zwrócił się do mamy, żebyśmy sprzątały ich pomieszczenia. Mama odpowiedziała mocnym głosem: „Moje dzieci nie będą tego robić, ja pójdę!”. Żołdak zwrócił się wtedy do mamy: „Macier’ masz cztery doczki, daj mi adnoj”. Mama postawiła się, jak tylko mogła, broniąc swoich dzieci. Natychmiast udała się do Komitetu Polskiego, poprosiła o pomoc i wszyscy zdecydowali, że zabiorą nas do swojego lokum. Był to duży pokój Komitetu. Razem z tą komisją dotrwaliśmy w nim do końca pobytu w obozie przejściowym.

Na drugi dzień po dotarciu do obozu miał się odbyć transport Polaków do kraju, ale moja siostra Zofia musiała zostać zabrana do szpitala. Zaczęła rodzić. Poród – kleszczowy – odbierał właśnie nasz doktor Jan Kostrzewski. Na szczęście mogłyśmy odwiedzać naszą siostrę w szpitalu. […] W obozie dowiedzieliśmy się, że następny transport do Polski będzie za dwa miesiące. Po wypisaniu ze szpitala dziecka siostry, noworodkiem opiekował się doktor Kostrzewski.

https://dulag121.pl/encyklopediaa/roguska-halina-pod-twoja-obrone/ "Pod Twoją obronę... " - wspomnienia Haliny Rogulskiej, ps. "Hania", napisane w 50 rocznicę wybuchu powstania warszawskiego.

Kolumna nasza składała się z pięciu zespołów dezynfektorów, którzy przeważnie nie byli tymi, za których się podawali. W kolumnach ukrywało się wielu Żydów, z zawodu nie tylko lekarzy i studentów medycyny. Mieliśmy np. „biologa”, który w rzeczywistości był adwokatem. Wszyscy posiadaliśmy mocne ausweissy i dokument z „wroną”, czyli „gapą” oraz napisem po niemiecku „Sonderbeaufträger für Fleckfieberbekämpfung”.Jesienią kolumny przeciwepidemiczne przeniosły się na Lubelszczyznę. W sąsiedztwie działał ze swoją kolumną dr Zański, a w powiecie puławskim - dr Morzycki. Kolumny miały za zadanie organizować wiejskie kąpieliska dla odwszawiania ludności. Z kąpielisk tych korzystały również partyzanckie oddziały, które przychodziły nocą i zaopatrywały się u nas w mydło. W okolicach był w partyzantce AK mój brat, z którym się kontaktowałem, przekazując medyczny sprzęt polowy i szczepionki otrzymywane od doktora Morzyckiego.

Nasze kolumny uratowały niejedną wieś przed zniszczeniem odwetowym. Obowiązywała zasada, że jeśli gdzieś występuje więcej niż pięć przypadków tyfusu plamistego, wieś można zamknąć. Jeśli było trzeba - warunek ten zawsze udawało się spełnić. Rozlepione wokół wsi afisze „Fleckfieber” skutecznie odstraszały pacyfikatorów. „Chorych” odwoziło się do szpitala terenowego, gdzie ludzie pracowali i postępowali tak, aby nie wzbudzić żadnych podejrzeń Niemców.

Brodacki Krystian: Podziemna służba zdrowia”; Polityka, 1968 - wspomnienie J. Kostrzewskiego

Dwa wozy zaprzężone w konie ciągnęły przyprószoną śniegiem drogą w kierunku Grodziska, małej wioski położonej nad Liwcem, z dala od głównych szlaków. Na wozach worki napełnione siarką i rozłożona na części, drewniana komora dezynfekcyjna. Dezynfektorzy pojechali przodem na rowerach. Po drodze mijali wozy z chorymi, które jechały z Grodziska do „szpitala” w Grębkowie. „Szpitala” jeszcze nie było. Budynek szkoły, stojący na wzniesieniu u skraju wsi - cztery izby lekcyjne, do których wejście prowadziło z obszernej sieni i mieszkanie nauczyciela przeznaczone na kuchnię, izbę gospodarczą i magazyn szpitalny, były jeszcze prawie puste. Znoszono łóżka pozbijane z desek, słomę i koce. Gromadzono opał, pertraktowano o żywność oraz o ludzi dla obsługi chorych i gotowania posiłków. Przed budynkiem postawiono komorę dezynfekcyjną. Wniesiono blaszaną wannę do kąpieli chorych, kilka wiader i miednice. W budynku było zimno. Luty 1943 roku, wprawdzie łagodny, dawał znać o zimie porywistym wiatrem i zadymką. Około południa wozy z chorymi zaczęły podjeżdżać przed budynek szkolny, który w ciągu dwóch dni miał przeobrazić się w szpital. Do wieczora przywieziono osiemnastu chorych, dzieci, kobiety i mężczyzn. Trzeba ich było ostrzyc i wykąpać, odzież ich poddać dezynfekcji, a równocześnie dopilnować ognia pod kotłem z wodą do kąpieli. Trzeba było ogrzać izbę, w której kąpano chorych oraz drugą dla wykąpanych. Trzeba było zagospodarować szpital i przygotować izbę noclegową dla pracowników, którzy dzień spędzali na wyszukiwaniu chorych po wsiach i na walce z wszawicą w głównym ognisku epidemii, w Grodzisku. 

Środki i metody walki z epidemią były prymitywne. Cale chaty zamieniano na komory dezynfekcyjne. Paskami papieru wylepiano szpary w powałach, ścianach i podłogach, na dużych blachach grubo pokrytych piaskiem zapalano kopce siarki, a odzież domowników odkażano w drewnianych komorach. Prostymi środkami przy pomocy konewki i cebrzyka - dom po domu - organizowano kąpiel ludności.

W jednym powiecie, gdzie zazwyczaj kilka wsi było objętych epidemią, pracę w szpitalach i w ogniskach zarazy pełniło zwykle kilkunastu ludzi: „lekarzy”, których wojna zaskoczyła na trzecim, czwartym lub piątym roku studiów, ale którzy szybko zdobyli doświadczenie życiowe w walce z epidemią; „pielęgniarek”, które nigdy nie przeszły szkoły pielęgniarskiej, ale które nabyły niezbędne minimum kwalifikacji u boku wymienionych „lekarzy”; „dezynfektorów”, z których niejeden mógłby się wykazać dyplomem uniwersyteckim prawa, filozofii lub innych dyscyplin, choć często ich aktualne nazwisko nie zgadzało się z nazwiskiem na starannie ukrytym dyplomie. Byli wśród pracowników kolumn przeciwepidemicznych również fachowcy z pełnymi kwalifikacjami, ale tych było mało, zbyt mało, nawet dla niewielkiej grupy sztabu operacji przeciwepidemicznych. Z grupy tej coraz to ktoś ubywał, na krócej lub dłużej złożony chorobą, z którą walczył.

W latach 1941-44 takich jak tu opisanych powiatów było w Polsce dziesiątki, a w każdym z nich po kilka improwizowanych szpitali. Wiosek objętych zarazą, gdzie w kilka dni pojawiało się po kilka kilkanaście zachorowań, było w Polsce setki, ale głównymi ogniskami choroby były miasta i miasteczka, gdzie w ciągu kilku tygodni można było naliczyć setki i tysiące chorych. Tyfus plamisty był w latach 1940-44 najważniejszym problemem dla służby zdrowia. Nie należy jednak zapominać o innych chorobach zakaźnych szerzących się w Polsce w tamtym okresie - czerwonce, tyfusie brzusznym, błonicy, nagminnym zapaleniu opon i wirusowym zapaleniu wątroby. Rzeczywistej liczby zachorowań w okresie II wojny światowej nie da się oszacować

Zaświadczenie Tymczasowego Komitetu Polskiego na Węgrzech – 1945 r.

Polskie władze sanitarne walczyły z epidemiami duru brzusznego i czerwonki, a także duru wysypkowego i błonicy. Ich działania ograniczały się jednak tylko do terenów Generalnej Guberni. Ponieważ władze niemieckie dążyły do tego, aby znajdujące się za linią frontu ziemie polskie były wolne od epidemii chorób zakaźnych, utworzyły urząd pełnomocnika do walki z durem wysypkowym (Sonderbeaufträger für Fleckfieberbekämpfung), którego zadaniem był nadzór nad działalnością wojewódzkich i powiatowych kolumn przeciwepidemicznych, organizowanych i prowadzonych wyłącznie przez Polaków.

Mokotowska 55. […] Kiedy się patrzyło, jak coraz więcej jest rannych, że nie ma ich gdzie kłaść, to był taki budynek w internacie, zorganizowany przez siostry zgromadzenia rodzinnego na Mokotowskiej. Na początku na pierwszym piętrze była sala operacyjna, potem po bombardowaniu została przeniesiona do piwnicy, bo akurat front budynku został zburzony i rannych trzeba było przenieść od tyłu na Mokotowską do budynków łączonych. I taka rzecz, którą zapamiętałam, która mnie wzruszyła: to był chyba wrzesień (ale nie pamiętam tak naprawdę), jak był likwidowany szpital głuchoniemych i ociemniałych. Po bombardowaniu placu Trzech Krzyży, Książęcej Niemcy bombardowali od muzeum i od szpitala Łazarza na Książęcej. Było coraz większe bombardowanie, więc należało zlikwidować szpital u głuchoniemych i ociemniałych. Robili to nocą mężczyźni, sanitariusze i jeden Niemiec, który był w niewoli, pomagał. Całość akcji tej prowadził doktor Kostrzewski, po wojnie profesor PAN-u już nieżyjący. Dlaczego to tak zapamiętałam, bo lżej ranni nawet pomagali przenosić [ciężko] rannych na noszach, robili to nocą przez cztery dni pod ostrzałem, trzeba było ich gdzieś znowu umieścić, więc jeden koło drugiego się [kładło], żeby wszyscy w szpitalu na Mokotowskiej się znaleźli. […] Razem ze szpitalem było ambulatorium. W ambulatorium byłam i opatrywałam lekko rannych. […] dużo było lekarzy, doktor Kostrzewski był, była siostra, która opiekowała się pielęgniarkami […] Było tyle ludzi, że żeśmy się nie znali, kto jest kto, po prostu pomagaliśmy sobie wzajemnie. [7]

Jako lekarz kierowałem  służbami medycznymi. Pozostała mi w pamięci pewna znamienna rzecz. Kiedy w okresie przygotowań do Powstania zajmowałem się szkoleniem patroli sanitarnych, zwracałem uwagę na to, że pierwsze zetknięcie się z polem walki może wywołać szok, wstrząs i że trzeba się przed nim bronić. Muszę powiedzieć, że gdy potem obserwowałem pracę sanitariuszek w czasie walki, bardzo wstydziłem się mych uwag. Dziewczęta walczyły - bez broni, ale to przecież była również walka, naprawdę bohaterska. Nie można było ich powstrzymać nawet wtedy, gdy interwencja wydawała się beznadziejna...

W naszym rejonie było siedem szpitali i kilkanaście punktów opatrunkowych. Ale to wszystko mało... W drugiej połowie sierpnia zaczęły nadchodzić złe wiadomości ze Starego Miasta. Dostałem najpierw rozkaz gromadzenia materiałów medycznych i przerzucenia ich na Starówkę. Po odwołaniu tego rozkazu otrzymałem polecenie przygotowania szpitali na przyjęcie stamtąd rannych. Był to okres bardzo trudny. Wychodzili z kanałów ludzie ranni i brudni, których należało umyć i położyć w szpitalu. Ale rozpaczliwie brakowało wody i miejsc... Później przyszedł taki czas, że zastanawialiśmy się, czy ktokolwiek przeżyje i opowie o tym co działo się w Warszawie [6]

Nieśmiertelnik J. Kostrzewskiego z obozu w Lamsdorf

Pierwsze bomby zastały nas w Krakowie. Po odrzuceniu naszego zgłoszenia ochotniczego przez władze wojskowe ruszyliśmy wraz z Jankiem Kostrzewskim, partnerem Dezso'ego na dwójce, na wędrówkę wojenną. Zmordowani i głodni znaleźliśmy się niedaleko Sandomierza, tam dojrzeliśmy na rzece przycumowane do brzegu pychówki. Były to łodzie policji rzecznej z Krakowa , która tu dobiła w swym „strategicznym odwrocie”.

Nie ma co ukrywać, popełniliśmy czyn haniebny. Ukradliśmy jedną pychówkę, a za okoliczność łagodzącą przyjmijmy warunki wojenne. Jedni znalezione wiosło kajakowe przecięliśmy na pół, na sterze usiadł Kostrzewski i brązowi medaliści XI olimpiady ruszyli, zamiast na torze Boschbahn w Amsterdamie, Wisłą do Sandomierza. „Start” odbył się o 3 rano, gdyż nie chcieliśmy „budzić” policjantów. Zostawiliśmy im jednak karteczkę z przeproszeniem i tłumaczeniem „o stanie wyższej konieczności”. W południe ostrzeliwał nas niemiecki samolot. Czyżby brał nas za krążownik?

W Sandomierzu dowiedzieliśmy się, że nie możemy liczyć na mobilizację. Zaopatrzyliśmy się więc w prowiant i ruszyliśmy dalej.

Późnym popołudniem znaleźliśmy się między mostami kolejowym i drogowym. Na mostach odbywał się gorączkowy ruch pociągów i pojazdów z wojskiem i sprzętem.

Obserwując to, co się działo na mostach, nie zauważyliśmy zbliżającej się eskadry bombowców niemieckich. Gdy Janek, który pierwszy ją spostrzegł, wrzasnął „gazu!” dorniery były już niebezpiecznie blisko. No!. To chyba pewne, że nie byłoby takiej dwójki, która mogłaby nam odebrać tytuł mistrza Europy, gdybyśmy tak pojechali w Amsterdamie! Gdy mijaliśmy drugi most, pierwsze bombowce nurkowały do ataku. Nieprzytomni ze zmęczenia – i nie ukrywajmy – ze strachu, dobiliśmy do nadrzecznych wiklin porzucając pychówkę, której biały kolor ściągał na nas uwagę.

Prawie dwie godziny trwało bombardowanie i ostrzeliwanie brzegów z karabinów maszynowych. Wikliny były pełne ukrywającego się wojska, co wzmogło zaciekłość szwabów. Kostrzewski dostał odłamkiem w rękę. Ja i Jurek wyszliśmy cało, ale gdyby nas złapali między mostami, nie miałbym już pewnie możności pisania tych wspomnień.

3 września, po nieudanych próbach dostania się do wojska, J. Kostrzewski wyruszył z Rogerem Vereyem i Jerzym Ustupskim wzdłuż Wisły, w kierunku Warszawy. Początkowo szli piechotą, by następnie łodzią pychówką dotrzeć do Sandomierza. Mosty były bronione przez polskie wojska i bombardowane przez Niemców.

R. Verey, w książce "40 000 kilometrów na skiffie", tak opisuje tę wędrówkę:

Od żołnierzy dowiedzieli się, że oddziały niemieckie docierają już do brzegów Wisły. Pozostawili łódź i ruszyli w dalszą drogę piechotą przez Kraśnik do Lublina, a następnie do Chełma, Hrubieszowa, Kowla i Łucka, pokonując nocami po 60­-70 kilometrów. Kilkakrotnie próbowali wstąpić do wojska, lecz kolejne jednostki rekrutacyjne właśnie się zwijały, a Niemcy byli coraz bliżej. Rozważali możliwość przekroczenia granicy Związku Radzieckiego, ale gdy w okolicach Równego spotkali oddział polskich oficerów, rozbrojonych i prowadzonych pod strażą żołnierzy Armii Czerwonej, zmienili zamiar i kierunek wędrówki. Przez Lwów, Jarosław i Leżajsk wrócili z końcem października do Krakowa. Przewędrowali piechotą ponad 700 kilometrów.

W Krakowie czekała tragiczna wiadomość - 16 września, w szpitalu polowym w Majdanie Kasztelańskim, w wyniku ran odniesionych w bitwie pod Aleksandrowem na Lubelszczyźnie, zmarł najmłodszy, dziewiętnastoletni brat Ojca – Jerzy. 

Wraz z kolegami z ZPMD i AZS zaczął szukać kontaktów z ruchem podziemnym. Barbara Wolska, która po ukończeniu studiów prawniczych w Krakowie pracowała w Warszawie w „Grupie Technicznej” i uczestniczyła w obronie stolicy, skontaktowała go z Tadeuszem Żenczykowskim, organizatorem i komendantem Związku Odbudowy Rzeczypospolitej (ZOR), organizacji opartej na ruchu ZET-owym.  Od 1940 roku ZOR był taktycznie podporządkowany Związkowi Walki Zbrojnej, a w 1943 roku został scalony z Armią Krajową. Na czele ZOR stała tzw. „trójka”, kierująca pracą Komendy Głównej. [1] 
J. Kostrzewski wstąpił do ZOR w grudniu 1939 roku i znalazł się w składzie Komendy Głównej tej organizacji. Pod pseudonimem „Kozioł” został dowódcą jednej z trzech kompanii działających na terenie Krakowa. Wśród kolegów i koleżanek organizował „piątki" w Krakowie i na Podhalu. 

Gdy w kwietniu 1941 roku aresztowano kolegów działających na Podhalu i w Krakowie, zdecydował się wyprowadzić się z domu rodzinnego do Krzesławic, a potem, przez trzy tygodnie, ukrywał się wraz z R. Vereyem w szałasach pasterskich w Gorcach. Aresztowanie matki i stryja (prof. Józefa K. Kostrzewskiego) przez Gestapo spowodowało, że ostatecznie opuścił Kraków i jego okolice. Zmienił nazwisko na Zarębski - rodowe nazwisko jego pradziada Michała. Podstawą tej zmiany była metryka wystawiona przez Kurię Biskupią w Krakowie.

W maju 1941 roku J. Kostrzewski wyjeżdża do Warszawy. Początkowo podejmuje pracę w Markach, jako pomocnik lekarza Mieczysława Peszczyńskiego, brata ZET-owego. Potem, przez miesiąc, pracuje jako strażnik nocny i sanitariusz w Szpitalu św. Rocha w Warszawie przy Krakowskim Przedmieściu. W lipcu 1941 roku został zatrudniony w Państwowym Zakładzie Higieny w Warszawie jako karmiciel wszy, laborant, a potem jako asystent techniczny i kierownik pracowni w Dziale Wyrobu Szczepionki przeciw tyfusowi plamistemu (Typhus exanthemicus). 

Pracę w Państwowym Zakładzie Higieny łączył J. Kostrzewski z działalnością konspiracyjną. W Warszawie pojawiało się coraz więcej znajomych z lat przedwojennych. Przyjechała, między innymi, Jadwiga (ps. „Greta") - młodsza siostra Barbary Wolskiej (ps. „Jula”).

Pod zmienionym nazwiskiem Kowalski, przyjechał młodszy brat Jana - Jacek, oficer zawodowy w stopniu podporucznika, oraz Jerzy Ustupski pod zmienionym nazwiskiem, Uzdowski. Barbara Wolska była łączniczką Tadeusza Żenczykowskiego (ps. „Kania", „Kowalik"), działającego w Biurze Informacji i Propagandy Komendy Głównej AK,  organizującego akcję „N" — propagandę antyniemiecką dla Niemców. J. Kostrzewski wspominał Tadeusza Żenczykowskiego jako człowieka niezwykłego, pełnego inwencji i odwagi, jako przywódcę, w pełnym tego słowa znaczeniu. Jadwiga Wolska -„Greta", była łączniczką akcji „N". W lipcu 1943 roku poznała Zdzisława Jeziorańskiego (Jana Nowaka-Jeziorańskiego - „Kuriera z Warszawy"). Ich ślub odbył się 7 września 1944 roku, w czasie Powstania Warszawskiego.

Od lipca 1941 do listopada 1942 roku J. Kostrzewski działał w Związku Odbudowy Rzeczypospolitej, pod pseudonimem „Zając", pełniąc obowiązki inspektora terenowego I Okręgu województwa warszawskiego. Następnie, do stycznia 1943 roku, był oficerem łącznikowym przy Komendancie II Okręgu ZOR Warszawa, a w kwietniu 1943 r. został przydzielony do VII Zgrupowania, II rejonu Armii Krajowej Warszawa-Śródmieście, pełniąc funkcję lekarza. W kwietniu 1944 roku, po aresztowaniu przez Gestapo dr Marii Zdziarskiej-Zalewskiej, zajął się organizacją punktów opatrunkowych w Śródmieściu oraz szkoleniem sanitariuszek. Stolicę planowano podzielić na 12 okręgów sanitarnych. Każdy z nich miał mieć szpital, aptekę, punkty opatrunkowe, spalarnię śmieci i grupy dezynfekcyjne.[2] Do służby medycznej werbował lekarzy i sanitariuszy. Dowodzony przez niego oddział, składający się z młodych dziewcząt, studentek medycyny, był doskonale przeszkolony w pracy sanitarnej i w chwili wybuchu powstania pozostawał w pełnej gotowości bojowej.[4]

Kapral podchorąży J. Kostrzewski, ps. "Kozioł",  lekarz Batalionu "Ruczaj", organizował patrole sanitarne szpitali mieszczących się przy ulicach: Wspólnej 28, Hożej 18, Mokotowskiej 55 i na Powiślu. 

15 września 1944 roku rozkazem Komendanta Okręgu Warszawskiego Armii Krajowej nr 28 J. Kostrzewski został odznaczony Krzyżem Walecznych, a 22 września 1944 roku, rozkazem Komendanta Głównego Armii Krajowej, został mianowany podporucznikiem czasu wojny. W uzasadnieniu napisano:

Umiejętnie zorganizował służbę patroli sanitarnych VII. Zgrupowania Armii Krajowej; z narażeniem życia docierał do zagrożonych szpitali. Osobiście ewakuował punkty szpitalne, zdobywał potrzebne materiały medyczne dla szpitali, patroli i punktów opatrunkowych.

Po upadku powstania, 5 października 1944 r. J. Kostrzewski, wraz z innymi powstańcami batalionu "Ruczaj",  trafia do Ożarowa, potem, 10 października, do obozu rozdzielczego Stalag nr 344 (318 VIII F) w Lamsdorf (Łambinowice)*. W dniach 23 stycznia do 1 marca przebywał w części obozu przeznaczonej, między innymi,  dla jeńców angielskich.  Po rozwiązaniu obozu jeńców, piechotą lub, pociągami, rozmieszczano w innych obozach. 7-go marca J. Kostrzewski trafił do obozu Stalag XVII A w Keisensteinbruck pod Wiedniem. Przez cały okres niewoli, w kolejnych obozach, pełnił funkcję lekarza. W Keisensteinbruck było niewielu Polaków. Za zgodą niemieckiego komendanta, objął opieką lekarską grupę około sześciuset Słowaków, uczestników powstania słowackiego. W kwietniu 1945 roku, po pojawieniu się wojsk radzieckich, Niemcy opuścili obóz. J. Kostrzewski wędrując przez Austrię i Słowację, gdzie pozostawił swych podopiecznych - powstańców słowackich, dotarł do Budapesztu, w  kolumnie polskich repatriantów. Tam zgłosił się do Polskiego Czerwonego Krzyża z prośbą o wystawienie dokumentów osobistych. Podał swoje prawdziwe nazwisko, nie przyznając się do udziału w powstaniu warszawskim ani do pobytu w obozach jeńców wojennych.

Rozpoczął pracę jako lekarz w obozie repatriantów przy Komendanturze 2 Frontu Ukraińskiego, w koszarach Andrássy’ego przy Hungaria Kerut. Przez obóz przewijały się tysiące ludzi różnych narodowości, powracających do domów, zarówno wojskowych jak i cywilów. Warunki sanitarne w obozie były niezwykle ciężkie. Pojawiły się epidemie tyfusu plamistego, czerwonki i innych chorób. Był tam jednocześnie lekarzem, sanitariuszem i położnikiem. Wkrótce wszedł w konflikt z lekarzami Armii Czerwonej, którzy nie chcieli przyjąć do wiadomości, że w obozie panuje epidemia chorób zakaźnych, przede wszystkim tyfusu. Po kilku dniach udało mu się ich przekonać, lecz ceną jaką musiał za to zapłacić było przedłużenie pobytu w obozie o ponad miesiąc, gdyż władze obozu zleciły mu opanowanie epidemii. Z końcem czerwca, wraz z innymi repatriantami, wyruszył pociągiem zmierzającym do Polski, by w pierwszych dniach lipca 1945 roku dotrzeć do Krakowa.

* W latach II wojny światowej powstał niemiecki obóz, stanowiący część jenieckiego kompleksu Lamsdorf, należącego do największych w Europie. Obóz zorganizowano już w sierpniu 1939 r. jako przejściowy (Dulag B). W październiku przekształcono go w obóz stały dla szeregowych i podoficerów, zmieniając jego nazwę na Stalag VIII B Lamsdorf. W połowie 1943 r. podporządkowano mu pobliski Stalag 318/VIII F Lamsdorf, a potem także Stalag VIII D Teschen (Cieszyn). W końcu 1943 r. obóz przemianowano na Stalag 344 Lamsdorf i pod tą nazwą funkcjonował do końca wojny.

Źródło: Stalag VIII B (344) Lamsdorf / 1939-1945 / Obozy / Centralne Muzeum Jeńców Wojennych (cmjw.pl)

1sierpnia 1944 roku w Państwowym Zakładzie Higieny dobiegało końca pakowanie i ekspediowanie przez Niemców sprzętu i aparatury. Trwał spór z kierownictwem niemieckim o zatrzymanie w Warszawie jak największej ilości sprzętu. Ukrywano przed wywiezieniem cenniejszą aparaturę. Około południa wyjechały ostatnie samochody. Niemcy wraz z ówczesnym dyrektorem, opuścili Zakład. W podziemnych pomieszczeniach Szkoły Higieny, budynku przy ulicy Chocimskiej 24, rozwinięto punkt sanitarny i opatrunkowy pod kierownictwem dr. Tadeusza Sporzyńskiego - jeden z wielu punktów opatrunkowych VII Zgrupowania, II Rejonu Armii Krajowej, zwanego potem batalionem „Ruczaj”. Kiedy o godzinie 14-tej opuszczałem Zakład, gmachy Szkoły Higieny i Zakładu Higieny znalazły się w rękach powstańców bez jednego wystrzału. Mieliśmy je stracić kilka dni później wraz z całą ulicą Chocimską. Po lustracji punktów opatrunkowych przybyłem do miejsca, gdzie stacjonowało dowództwo batalionu; tam oczekiwaliśmy godziny 17-tej - godziny wybuchu Powstania Warszawskiego. [5]

[4] Prof. dr Jan Kostrzewski, lekarz Powstania Warszawskiego Prezesem Polskiej Akademii Nauk; Za Wolność i Lud, nr 9, 3 marca 1984

W Warszawie, Krakowie i we Lwowie Niemcy produkowali szczepionki przeciw durowi wysypkowemu metodą Weigla, z jelit zakażonych wszy. W Warszawie, utworzoną przez Niemców pracownią szczepionki przeciwko durowi wysypkowemu, kierował niemiecki lekarz Herman Wohlrab, lecz personel zajmujący się nie tylko jej wytwarzaniem, ale także karmieniem wszy, tworzyli Polacy. 

Szczepionka była wykorzystywana na potrzeby okupanta. Oprócz oficjalnej produkcji, zespół pracowników Centrali PZH - dr Edmund Wojciechowski, dr T. Przyborowski, laborant Edward Mikołajczyk, a także J. Kostrzewski, prowadzili, w tajemnicy przed Niemcami, produkcję wysokiej jakości szczepionki dla potrzeb polskich. Nie były to działania bezpieczne - wykrycie u Polaków zakażonych wszy karane było bowiem śmiercią. Szczepionką uodparniano pracowników kolumn przeciwepidemicznych, ale także, potajemnie, dostarczano ją do więzień, getta i obozów koncentracyjnych.[2,3]

Praca przy produkcji szczepionki zapewniała dostęp do bardzo przydatnych dokumentów osobistych. Jednak karmienie po kilka tysięcy wszy dwa razy dziennie przez półtora roku nie pozostawało bez konsekwencji. J. Kostrzewski chorował na dur wysypkowy, gorączkę okopową i wirusowe zapalenie wątroby.